Der Civil War forderte fast zehnmal so viele Opfer wie das amerikanische Engagement in Vietnam, fast ein Viertel aller Soldaten des Civil War fielen im Kampf, insgesamt waren über eine halbe Million Opfer zu beklagen. Dieser Bruderkrieg kostete die damals gewaltige Summe von 5 Milliarden Dollar.

Der Civil War war der erste moderne Massenkrieg der Geschichte. Da US-Präsident Lincoln die militärischen Anlagen und Seehäfen auf dem Staatsgebiet der Konföderation als US-Besitz ansah und Verhandlungen über deren Versorgung scheiterten, eröffnete konföderierte Artillerie am 12. April 1861 das Feuer auf Fort Sumter im Hafen von Charleston, South Carolina, als es von Kriegsschiffen der Union mit Nachschub versorgt werden sollte. Der Bruderkrieg hatte begonnen. Lincoln war entschlossen, die "Rebellion" militärisch niederzuschlagen. Als er Truppen anforderte, zeigte sich deutlich das Dilemma des oberen Südens: Virginia z.B. war durch die geographische Nähe und wirtschaftlich extrem stark mit dem Norden verbunden, verfügte aber als Südtsaat über die meisten Ressourcen, die Hälfte der Gesamtbevölkerung, fast das gesamte Industrievermögen und mehr als die Hälfte der Pferde des Südens. Auch viele Männer mit militärischen Qualitäten enstammten aus diesen Staaten. Robert E. Lee und "Stonewall" Jackson stammten aus Virginia. Ohne sie konnte der Süden nicht gewinnen. Als die Nachricht vom Beschuss auf Fort Sumter eintraf, entwickelte sich eine vom Volk unterstützte Eigendynamik, die von Lincoln um Truppen ersuchten Staaten Virginia, Kentucky, Missouri, North Carolina, Arkansas und Tennessee verweigerten sich dem US-Präsidenten und erklärten ihren Eintritt in die Konföderation.

Nach der Sezession Virginias wurde Richmond zur Hauptstadt der Konföderation ernannt, Robert E. Lee von seinem ehemaligen Vorgesetzten in Westpoint, New York, General Scott für den Oberbefehl der Unionstruppen vorgeschlagen. Lees Antwort an seinen Freund war: "Ich kann doch nicht Hand erheben gegen meinen Geburtsort, mein Heim, meine Kinder" und lehnte ab. General Scott erwiderte traurig: "Du hast den grössten Fehler deines Lebens begangen, aber ich befürchtete, dass es so kommen würde". Wenige Tage später wurde Robert E. Lee zum Befehlshaber der Streitkräfte Virginias ernannt, später dann zum Oberbefehlshaber aller konföderierten Truppen befördert. Lee selbst war ein Gegner der Sklaverei.

US-Präsident Lincoln hatte noch im März 1861 öffentlich gesagt, dass es nur um den "Erhalt der Union" gehe, keineswegs um die Abschaffung der Rassentrennung und der spätere Oberbefehlshaber der Unionstruppen, Ulysses S. Grant sagte sogar: "Wenn ich der Meinung wäre, mit diesem Krieg ginge es um die Abschaffung der Sklaverei, würde ich meine Offizierskommission zurückziehen und mein Schwert der anderen Seite anbieten." Auch ihm, wie vielen seiner Kameraden und seinem Präsidenten, ging es um die Union. Er war der Überzeugung, dass kein Staat das Recht hatte, aus der Union auszutreten. Auch der Unionsgeneral Sherman, der eine blutige Spur durch Georgia und South Carolina zog, der Atlanta abbrennen liess, sagte in seinen Memoiren, dass der keinerlei Gefühle für oder wider der Sklaverei hatte, es ging ihm nur darum, die Union zu retten.

Die Abschaffung der Sklaverei als Kriegsziel wurde erst nach über einem Jahre nach Ausbruch des Bürgerkriegs erhoben, um der Öffentlichkeit einen rechtschaffenen Grund zur Fortsetzung des Gemetzels zu geben. Es gab natürlich auch einen miltärischen Grund: Die schwarzen Sklaven wurden zur Aufrechterhaltung der Produktion dringend benötigt, indem sie flohen und in den Reihen der Unionstruppen kämpften ("Konterbande"), wurde dem Süden Arbeitskraft entzogen und die eigenen Truppen gestärkt.

Der Navy Jack war direkt von den Marineflaggen der britischen Marine kopiert und wurde auf den Schiffen der Konföderation gehisst. Die Landstreitkräfte übernahmen ein bis auf wenige Details (dunkleres Blau) ähnliches Modell, allerdings in quadratischem Format, das sich im Gelände nicht so leicht verheddern konnte. Das Design stammte aus 1861, der Grund für diese Flaggen war, dass sich die erste Staatsflagge, die Stars and Bars zu wenig von den Stars and Stripes der USA unterschied, und Kommandeure auf dem Schlachtfeld ihre Truppen im Rauch von Kanonenfeuer zu wenig von feindlichen Truppen unterscheiden konnten. Beide Flaggen repräsentierten mit den 13 Sternen die Staaten der Konföderation einschliesslich Missouri und Kentucky und wurden, obwohl sie nie offiziell als Staatsflaggen ratifiziert wurden, zum Symbol der Konföderation.

Da die europäischen Mächte auf den Import der Baumwolle aus den Südstaaten angewiesen waren, erhoffte man sich eine Intervention, um die Blockade der Seehäfen des Südens zu durchbrechen. So weit wollte man in Europa nicht gehen, aber man erklärte sich (anfangs) neutral. Damit war die Konföderation international als kriegsführende Partei faktisch anerkannt - und nicht als Kämpfer einer Rebellion - ein gewaltiger Unterschied. Erst die Proklamation der Sklavenbefreiung im September 1862 brachte die europäischen Staaten auf die Seite der Union, ohne jedoch für diese Partei zu ergreifen.

In den ersten beiden Kriegsjahren gab es hunderte Schlachten und Scharmützel, der Schauplatz des Krieges war hauptsächlich der Süden, es gab Erfolge und Niederlagen auf beiden Seiten. General "Stonewall" Jackson vertrieb im Mai 1862 die Union aus dem Shenandoah-Tal über den Potomac, es wurden schnell Einheiten zum Schutz von Washington DC abkommandiert. Das Jahr 1863 wurde zum entscheidensten Jahr des Krieges, viele der Schlachten, die hier geschlagen wurden, hatten direkten militärischen bzw. indirekt politischen Einfluss auf die Geschehnisse der kommenden zwei Jahre.

Im Mai 1863 gelang es nach sechs Wochen Unionsgeneral Grant, Vicksburg in Mississippi einzunehmen und erlangte dadurch die strategisch wichtige Kontrolle über den Mississippi als Transportweg. Zudem war zum ersten Mal die Konföderation in zwei Teile gespalten.

Ein Jahr nach der Einführung der Stars and Bars wurde die Forderung erhoben, eine Staatsflagge einzuführen, die sich dramatisch von den Stars ans Stripes des Nordens unterscheiden sollte. So wurde das "Stainless Banner" entworfen, mit der Abbildung der Battleflag in der oberen linken Ecke auf puren weiss, was die Reinheit der Bestrebungen des Südens darstellen sollte.