Im July 1863 entschloss sich General Lee "den Krieg zum Feind" zu tragen, die verheerende Schlacht bei Gettysburg, Pennsylvania begann. Unionsgeneral Meade hatte wesentlich mehr Truppen in der Schlacht und auch aussichtsreichere Positionen im hügeligen Gelände. Lee machte einen strategisch entscheidenen Fehler, indem er nicht auf die Vorschläge seines Generals Longstreet hören wollte, die Unionstruppen zu umgehen und von der Flanke anzugreifen. Die Union gewann die Schlacht, konnte aber Lee, der sich nach Süd-Viginia absetzte, nicht verfolgen. Nun war auch die zögerliche politische Unterstützung der Konföderation durch die Europäer endgültig vorüber.

Im Juni 1864 spalteten sich die westlichen Landstriche von Virginia ab und wurden als neuer Staat West Virginia in die Union aufgenommen.

Im September diesen Jahres nach der Schlacht um Chickamauga in Tennessee, die die Konföderation gewann, zogen sich die Unionstruppen nach Chattanooga zurück. General Grant wurde zur Rettung der Situation dorthin abkommandiert und konnte den Ring um seine Truppen in Chattanooga sprengen. Er bereitete so den Feldzug von Sherman durch Georgia vor. Im Herbst 1864 gelangten konföderierte Truppen bis 8 km vor Washington, DC, konnten die Stadt aber nicht nehmen und wurden nach Virginia zurückgedrängt

Die Moral der Union war im Herbst 1864 stark angeschlagen, es gab zu viele Verluste und militärische Desaster. Die Demokraten stellten sich offen gegen Lincoln, den sie der "Rassenmischung" bezichtigten und in ihrer Presse deutlich machten, dass kein weisser Soldat für die Befreiung der Schwarzen sterben soll. Sie waren auch gegen den geplanten 13. Verfassungszusatz, der die Sklaverei abschaffen sollte und machten mit den niederträchtigsten Mitteln gegen die "Kollaboration der Schwarzen und der republikanischen Partei" Stimmung. Lincoln, der um seine Wiederwahl fürchtete, knickte ein und sagte, dass er nicht darauf bestehe, die Sklaverei im Süden abzuschaffen, wenn die Konföderation nach einem Waffenstillstand wieder zur Union zurückkehren würde.

Der grosse Stimmungsumschwung kam, als General Sherman Atlanta einnahm, die Stadt brannte bis auf die Grundmauern nieder. Mit diesem psychologisch wichtigem Sieg in der Tasche wurde Lincoln wiedergewählt. Sherman zog weiter in seinem berühmt-berüchtigten "Marsch zur See", indem er sich von seinem Nachschub abschnitt und seinen Soldaten befahl, vom Land zu leben.

Damit war er der erste, der einen totalen Krieg, also auch Krieg gegen die zivile Bevölkerung vom Zaun brach. Nachdem er auch Savannah in Georgia einnahm, zog er Anfang 1865 durch South Carolina und zerstörte in einem ca. 100 Kilometer breiten Streifen alles, was er vor sich hatte. Hunderte schöner Gebäude des Antebellum wurden in Schutt und Asche gelegt. Dies wurde allgemein als Strafaktion angesehen, da ja South Carolina der erste Sezessionsstaat war, diese Einschätzung wird von der Tatsache unterstützt, dass sich seine Truppen in North Carolina vergleichsweise stark zurückhielten. Ähnlich machte es ihm Unionsgeneral Sheridan nach, der das gesamte Shenendoah-Tal abbrennen liess, so dass "Mensch und Tier nirgens mehr etwas zum Essen finden".

Logistische Probleme und die erfolgreichen Seeblockaden setzten den Konföderierten stark zu. Immer mehr Soldaten desertieren ob der Übermacht des Feindes, so dass Jefferson Davis einwilligte, Sklaven in der stark geschwächten Armee kämpfen zu lassen. Es kam jedoch nie soweit.

Da die zweite Staatsflagge fast weiss war und auf dem Schlachtfeld als Zeichen einer Kapitulation missdeutet werden konnte, wurde ihr am rechten Rand ein senkrechter roter Rand, etwa eine viertel-Länge angebracht. In den letzen Tagen des Krieges wurde an der Fahnenmastseite ein weiterer vertikaler Streifen hinzugefügt. Diese Flagge ist die letzte konföderierte Flagge.

Jefferson Davis hatte zugestimmt, Gesandte zu einer Friedenskonferenz zu entsenden, bestand aber darauf, dass Lincoln den Süden als unabhängig anerkannte ebenso wie Lincoln darauf bestand, dass die Konföderation wieder zur Union zurückkehrte, die Konferenz wurde wegen dieser Forderungen natürlich dann abgesagt. Die Demokraten ("Copperheads") übten sich in Verschwörung, trafen sich mit Agenten der Südstaaten in Kanada, machten Pläne, Kriegsgefangenenlager der Union anzugreifen und die konföderierten Soldaten zu befreien. Diese Pläne wurden aber aufgedeckt und die Verschwörer zur Rechenschaft gezogen.

Im April 1865 verlor General Lee die Schlacht um Petersburg und liess daraufhin die Hauptstadt der Konföderation, Richmond, Virginia evakuieren. Dabei wurde die Stadt von den eigenen Leuten abgebrannt, um dem Feind nichts Verwertbares zu hinterlassen. General Lees Armee wurde umzingelt und hatte keine Chance mehr. Am 9. April 1865 ergab sich Lee dem Unionsgeneral Grant im Gerichtsgebäude in Appomattox, Virginia.

Nachdem sich die Konföderation ergeben hatte, wurde US-Präsident Lincoln am 14. April 1865 von dem Schauspieler John Wilkes Booth, der die Niederlage des Südens nicht verkraftete, im Ford-Theater in Washington erschossen. Bei einer gemeinsamen Parade der Armeen von Georgia und Potomac (Union) streckte die Konföderation offiziell die Waffen, die Soldaten des Südens wurden von ihren kriegsführenden Brüdern mit höchstem Respekt behandelt. Die Generalität der siegreichen Union salutierte, als Robert E. Lee sein Schwert niederlegte. Diese Tatsache half, die Wunden, die der Bruderkrieg gerissen hatte, in den kommenden Jahren schneller verheilen zu lassen.

Dieser Krieg war ein einziges brutales, unmenschliches Gemetzel. An manchen mehrtägigen Schlachten floss das Blut so stark, dass sich daraus kleinere Seen bildeten. Es gab keinerlei Übereinkommen, vor allem was die Situation der Gefangenen betraf. In den beiden ersten Kriegsjahren wurden Kriegsgefangene jeweils "auf Ehrenwort" entlassen, manchmal direkt nach der Schlacht. Nachdem die Konföderation diese Soldaten wieder in Dienst stellte und auch damit begann, schwarze gefangene Unionssoldaten zu massakrieren, wurde der Austausch eingestellt. Die Südstaatler schleiften gefangene Unionsoffiziere mit um den Hals gelegten Seilen durch die Städte, in Andersonville, Georgia wurden soviele Gegner zusammengepfercht, dass die Mehrzahl an Überhitzung und Unterernährung starb. Der als grausam und ineffizient geschriebene Kommandant dieses Lagers, Captain Wirtz, wurde nach der Kapitulation vor einem Kriegsgericht zum Tod verurteilt und hingerichtet.

Am 18. Dezember 1865 wurde der 13. Verfassungszusatz ratifiziert, der in allen Bundesstaaten die Sklaverei abschaffte.

Jefferson Davis wurde im Mai 1865 in Georgia festgenommen und wurde zwei Jahre gefangengehalten. Er wurde der Verschwörung angeklagt und auf $100000 Kaution entlassen. Die USA liessen später die Anklage fallen. Er starb im Dezember 1889 in New Orleans.
Ulysses S. Grant wurde 1866 Präsident der USA, er starb 1885
Robert E. Lee konnte wegen der Formulierung, die Grant zur Kapitulation anfertigte, nicht der Prozess der Verschwörung gemacht werden. Er starb 1870 und wurde von Präsident Jimmy Carter 1977 von jeglicher Schuld rehabilitiert

Bis heute wird das Southern Cross als Südstaatenflagge, als Rebelflag angesehen. Dies ist natürlich falsch, denn sie war nie eine offizielle Flagge der Konföderation. Sie war eine Kriegsflagge, wird aber trotzdem als Symbol für die Südstaaten weiterhin in den Köpfen der Menschen eine Rolle spielen. Manche sehen sie als Symbol der Unterdrückung, Sklaverei und Rassismus, andere als Symbol des Freiheitswillens der Südstaaten.

Seit 1991 kämpft die NAACP (National Association for the Advancement of Colored People) dafür, die Staatsflaggen von South Carolina, Georgia und Mississippi offiziell zu ändern. Die Staatsflagge von South Carolina ist diejenige, die von den konföderierten Truppen beim Beschuss auf Fort Sumter geschwenkt wurde, die Flaggen von Georgia und Mississippi haben das Southern Cross in einem nicht unerheblichen Teil als Bestandteil ihrer Flaggen.

In Georgia war die NAACP nach fast 10 Jahren Kampf erfolgreich: Georgia hat seit 2001 eine geänderte Flagge, die zwar weiterhin unter anderem die alte Flagge und damit das Southern Cross beinhaltet, allerdings winzig klein und bei weitem nicht mehr so prominent wie bisher. Die grösste Zeitung in Georgia, die "Atlanta Constitution", zeigte sich auch entsprechend überrascht, dass die Staatsflagge fast in einer Nacht-und Nebelaktion durch die Demokratsmehrheit geändert wurde - wütender Protest ist schon angekündigt! Die Diskussionen gehen weiter - a never ending story!

Nachtrag: Georgia hat mittlerweile seine Flagge schon wieder geändert (Stand 2005). Wann gibt es dort endlich mal Ruhe?